Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
收集戒指并与深渊王展开决战的佐藤和姬等人，在只差一步就能将深渊王逼入绝境时，佐藤却耗尽全力陷入危机。千钧一发之际被阿拉巴斯坦所救，一行人决定暂作休整。此时姬的妹妹·莫里昂突然现身。为了再次挑战深渊王，佐藤与公主们决定通过修炼提升实力、加深羁绊——亦即开始进行「新娘修行」。经历种种试炼后，佐藤与姬感情愈发深厚，与奈芙莉缇丝、古拉娜特、萨菲尔、安巴鲁的关系也有所进展。这次佐藤他们能否彻底击败深渊王，夺取和平！？赌上世界命运的「新娘修行」——异世界新婚幻想物语，再度开幕！
憧憬成为帅气的大魔法使的赛特，为了打倒来自天空的怪物涅墨西斯，每天都在努力的进行魔法特训，但赛特的训练一直不顺利，总是引起纠纷给村子里的人添麻烦。某一日，巨型涅墨西斯袭击了村子，为了拯救世界彻底消除涅墨西斯，赛特下定决心去寻找传说中涅墨西斯巢穴地，在旅途中赛特不断的遇到新的伙伴与新的强敌不断的成长。
描述主角灯荒仁在机缘巧合下，碰到了过去的好友浅观音真宝，但却因此卷入了一场强者间斗争的故事。
