Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
羽贺是秘密集结的调查队“王之探索者”的一员。他们的职责是调查这个世间的万物。在一次任务中，羽贺拯救了被龙袭击的村庄，受到了村民们的尊敬。获救的少女妮可拉深受鼓舞，也想跟随羽贺一同探险。然而羽贺的真实目的并不是探险……
那是在极限的世界战斗的人们之间牵绊的物语——存在于这一时空的，无数平行世界之一——在那里，人类驱使着被称作战术步行战斗机（战术机）的人型兵器，与敌对的地球外起源种「BETA」持续了长达数十年的战斗。被灭亡的危机逼入绝境的人类，在残酷的命运当中将会展现怎样的生存方式——发了许多共享的世界游戏和媒体组合。
醒来时，我发现自己身处一片陌生的森林。这里仿佛是我从未涉足的奇幻世界。环顾四周，到处都是可怕又奇异的怪物。当我看向自己时，我看到了……等等！我转生成了一颗蛋？！虽然我可以进化成龙，但似乎我必须狩猎怪物、提升等级才能破壳而出。我根本没法战斗！毕竟我只是一颗蛋啊！我好不容易进化了，可遇到的那些人类却把我当成了“怪物”。我只想和人类成为朋友！我总是处境艰难！
泷口宵虽然是个女生，但是她长相俊美，举止也很潇洒帅气，所以被同学们称为「王子」。虽然宵也想象漫画里的女主角谈场恋爱，但是男生们都因为宵长得太帅气，所以没把她当成女生，所以宵很早就放弃谈恋爱了。可是有一天，宵认识了一个帅气的男生市村琥珀，琥珀是大了宵一岁的学长，他因为家里有钱，而且长得很帅，所以也被大家称为「王子」。琥珀第一眼见到宵就被她吸引，后来也常常找机会接近宵。宵一开始很讨厌这个举止轻浮的学长，但是后来渐渐发现琥珀的优点…
