Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
泷口宵虽然是个女生，但是她长相俊美，举止也很潇洒帅气，所以被同学们称为「王子」。虽然宵也想象漫画里的女主角谈场恋爱，但是男生们都因为宵长得太帅气，所以没把她当成女生，所以宵很早就放弃谈恋爱了。可是有一天，宵认识了一个帅气的男生市村琥珀，琥珀是大了宵一岁的学长，他因为家里有钱，而且长得很帅，所以也被大家称为「王子」。琥珀第一眼见到宵就被她吸引，后来也常常找机会接近宵。宵一开始很讨厌这个举止轻浮的学长，但是后来渐渐发现琥珀的优点…
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主人公汐崎春乃是一名住在父母经营的“NIWA旅店”的高中二年级学生，每天骑着本田生产的轻便摩托车去上学。春乃并非对周围的人和生活环境有所不满，但是心中却有一个朦朦胧胧的理想，那就是想去大都市看一看，想做一点什么特别的事情。后来，春乃在旅店里认识了骑着“LITTLECUB”的镝木小夜和骑着“BENLY”的别所杏里等朋友，然后向前迈出了新的一步…
由于风之神希尔的失误而死亡，转生了的青年巧。
