未来世界库库鲁长大成人，即将加冕成为古灵仙族的国王，女神安琪儿与新一任花仙魔法使者“圣洁之光”雪城爱一起守护着拉贝尔大陆的和平，人们生活在宁静祥和之中。然而黑暗魔王借着人们内心的私欲逐渐壮大，他利用芬妮公主对安琪儿的嫉妒之心再一次发动侵袭，妄图抢夺神秘力量，花之法典中的花仙精灵被尽数黑化，拉贝尔大陆岌岌可危。危急关头，安琪儿女神不得不打开时空之门，将雪城爱与库库鲁送回过去的地球，去找到那个命定的魔法少女寻求帮助……
三年前的8月31日，“侵略者”巨大的母舰突如其来地降临在东京，眼看这个世界即将迎来末日。自此之后，绝望渐渐地融入了日常生活；大大的飞碟盘旋于空中，今天也依然不变地持续环绕着世界。而在还没有来到世界末日的此刻，小山门出、中川凰兰这两个高中女生的青春时代才正要展开。
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故事发生在美丽的青藏高原，人迹罕至的雪域冰川是动物们唯一赖以生存的家园。呶噜是一只刚刚出生没多久的藏羚羊，跟随着母亲的脚步，它们正在进行一年一度的繁殖之旅，即将回到家乡。然而，就在这个节骨眼上，邪恶的偷猎者们出现了，在他们的追捕之下，呶噜的母亲不幸跌落山崖，幸运的是呶噜逃过一劫。 在万里无垠的广袤大地之上，寒冬即将来临，呶噜孤身一人，不知该何去何从。兔鼠卡拉和百灵西达的出现给呶噜带来了希望，在它们的陪伴之下，呶噜开始学习起了生存必要的技能。冬天过去了，呶噜的头上长出了稚嫩的羚羊角，它决心凭借自己的力量，返回家园。
蚂蚁战队为守护家园，与雷、仇两路人马展开圣兽力量的争夺，最后决战于炽火塔内。在圣兽感召下，蚂蚁战队逆转局势，并将敌人击退！所有人也得到圣兽力量的洗礼，心灵和实力都得到了重生，并携手向更高目标迈进。
