未来世界库库鲁长大成人，即将加冕成为古灵仙族的国王，女神安琪儿与新一任花仙魔法使者“圣洁之光”雪城爱一起守护着拉贝尔大陆的和平，人们生活在宁静祥和之中。然而黑暗魔王借着人们内心的私欲逐渐壮大，他利用芬妮公主对安琪儿的嫉妒之心再一次发动侵袭，妄图抢夺神秘力量，花之法典中的花仙精灵被尽数黑化，拉贝尔大陆岌岌可危。危急关头，安琪儿女神不得不打开时空之门，将雪城爱与库库鲁送回过去的地球，去找到那个命定的魔法少女寻求帮助……
20世纪60年代初，从二战的沉重打击中复苏的日本，正以极快的速度在世人的注视下重新确立自己的地位。位于横滨某个海港小镇，松崎家四姐弟和住客过着平凡的生活。16岁的姐姐海（长泽雅美 配音）照顾所有人的衣食起居，清晨则例行升起祈愿平安航行的信号旗。偶然的机会，海结识了同校新闻部的男孩风间俊（冈田准一 配音），校园生活平添一道靓丽的色彩。与此同时，东京奥运会召开在即，学校内俊和一群好友所栖身的古旧建筑“拉丁区”面临拆毁的命运。为了保护心中的圣地，俊、海以及同好们联合起来。在此过程中，他们心中某种隐秘的情愫悄然滋长，但是意想不到的命运却挡在了彼此的面前……
前朝公主镜折将自己心爱的青罗伞送至念物阁珍藏，临行前她希望青罗伞可以陪伴着前朝将军的黑玉剑。青罗伞的物灵青黛为实现主人的愿望，在念物阁寻找到黑玉剑的物灵忘归。而忘归却一心想为前主人报仇，找到机会逃出了念物阁。为了阻止忘归再次在人间挑起战争，青黛与天才工匠少年墨阳一起踏上了寻找忘归的路。一路上惊险重重，在一人一物灵的通力合作下，最终他们成功让忘归放弃仇恨，并且阻止了念物阁一场前所未有的危机。然而，他们也付出了巨大的代价......
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三年前的8月31日，“侵略者”巨大的母舰突如其来地降临在东京，眼看这个世界即将迎来末日。自此之后，绝望渐渐地融入了日常生活；大大的飞碟盘旋于空中，今天也依然不变地持续环绕着世界。而在还没有来到世界末日的此刻，小山门出、中川凰兰这两个高中女生的青春时代才正要展开。
