这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。
初中的毕业典礼上，爱城恋太郎进行了人生的第100次告白，但和先前的99次一样，都被拒绝了。恋太郎在男女间的评价一直都很好，但总是无法被女孩当作恋爱对象。这天，恋太郎来到了祈求缘分的神社，在他虔诚膜拜时，神出现了。神告诉恋太郎，在升上高中后恋太郎将会遇到命运之人，并且总共有100人……。DEAD·OR·LOVE的学园新生活开幕！！
雷格西渴望未来能和哈鲁在一起，生活在肉食动物和草食动物和平共存的世界。为了这个目标，他继续走在艰难的道路上，反抗邪恶势力，并对抗自己的本能。
