《太祖秘史》展现了一代天骄努尔哈赤大情大性的一生，讲述了努尔哈赤和他的女人们的故事。在那个血与火，情与爱的年代，努尔哈赤如一匹奔跑在辽东大地上的孤狼，面对杀父之仇，夺子之痛；众叛亲离，走投无路；终十三甲起兵，统一女真各部，与明朝分庭抗礼，缔造英雄霸业。东哥、佟佳氏、阿巴亥、孟古、那齐娅这五个如清泉一般的绝世美女，用温婉溶化了英雄的铁石心肠，用柔情成就了一代枭雄，但红颜薄命也带给了努尔哈赤此生无可挽回的遗憾，终使英雄郁郁而终………
林婧，绿野集团继承人，性格刚毅，却在人生巅峰遭遇背叛。苏晓梦，民宿小职员，性格温婉，却深陷家庭泥潭。一次偶然，两人因定洞神针，交换人生。林婧“变身”普通服务员，却以敏锐眼光和果断决策，让民宿焕然一新。苏晓梦“跃升”商界精英，用真诚与关怀，让绿野集团焕发活力。期间，林婧邂逅了酿酒师陆逍，苏晓梦亦获得了下属韩子明的守护。历经重重风波后，两人彻底挣脱渣男与原生家庭的枷锁。再度相遇定洞神针，两人回归原位，却都因这段奇妙旅程而蜕变，各自寻获真爱，也在彼此的人生轨迹中找回了失落的成长与初心。
原是大雍国钦天监监正蒯铎之子稚奴，一夜之间身负血海之仇。十年隐忍和学习之后，稚奴化名藏海（肖战 饰）回到京城，凭借营造技艺和纵横之术，在朝堂上步步高升。他将当年灭门真相公之于众、一雪冤屈，也在逐渐成长中，看到了朝堂的陋习。最终，为了国家安定和百姓安居乐业，藏海协助大雍消弭了战争。
江南睦州府，有一世家小姐，懒名远播。据说，此女子能躺着绝不坐着，能坐着绝不站着，懒功天下无敌。江南睦州府，有一世家公子，文采非凡，俊逸无双，但听说这公子有隐疾。嫁过去第一天，女子对着貌美的公子说道“夫君如此多娇”。曾几何时，此女子一心只想做个闺中懒货，奈何天意不让她如此，前有恶婆婆，后有美姬妾，从此走上了大宅门里混日子的生活。
清朝末年，一派萧瑟之气。父母早亡无家可归的十五岁少年陈六子流落街头，靠着要饭存活。但六子天子聪颖，机智灵活，时不时去听听说书，了解外面的世界。某个冬天，六子得到了饭店伙计锁子叔的照顾，让六子感激了一生。冻得没办法的六子倒在了周村通和染坊门前，早晨出来扫雪的周掌柜，救下了六子，且把他认为义子，取名陈寿亭（侯勇 饰）。就这样，陈寿亭开始了在通和染坊的生活。时光荏苒，十年间，寿亭通过自己的勤奋和机智，熟练的掌握了染坊的所有技艺和事项，把通和染坊经营成了周村的最大染坊，引起了大亨染坊老板的觊觎。他想通过贿赂把寿亭挖过来，寿亭却意志坚定，连绑架他的土匪都对他心生敬佩。就这样，周村上下无人不知晓陈寿亭。大户卢家老爷看中了寿亭，想让其去青岛协助从德国归来学印染的儿子卢家驹（罗刚 饰）。寿亭因此走上了工业印染之路和创业之路…
顾渊受人所迫接到一个任务，PUA民宿老板娘并且最后抛弃她，于是顾渊应聘为民宿员工接近花花。顾渊发现了花花只有一天的记忆，同时发现了导致她失忆的那场车祸背后的秘密。每天醒来，花花的记忆就会刷新重启，在顾渊和花花相处的点滴中，花花爱上了他，并且用自己独特的方式记住了顾渊。顾渊也感受到了花花的真诚善良和自己久违的心动，最终顾渊拒绝雇主，却被雇主报复，为了救花花，不惜将自己的生命置之度外。
医学生姜愿月为了寻找失踪的姐姐姜书晚，改名晏染并接近曾家二少爷曾元恺，成功以曾元恺丫鬟的身份进入了曾家。姜焰染在几番寻找后发现了被埋葬在曾家废院的姐姐尸体，她将嫌疑人身份锁定在曾家两兄弟的身上。通过陈淑琳的死，晏染和曾元恺发现曾家家主曾少宗伤天害理的真面目，以及他害死姜韵纹和曾元恺生母顾曼清，并非曾元恺生父的真相。
1939年冬，日军进攻巴山县城，国民党警卫营营长徐绍华奉命抵挡，掩护大部队撤离，农村妇女葛秋月进城时差点遭到日军强奸，幸得徐绍华相救。警卫营在抗击日军中，几乎全军覆没，徐绍华灰心丧气，葛秋月带来巴山游击队从后方袭击日军，救出徐绍华。巴山游击队长朱明在战斗中牺牲，临终交托秋月和日军作战到底。日军扫荡葛家村，葛秋月家破人亡，痛不欲生。但是秋月没有被打倒，她带着游击队继续和日军作战。葛秋月在战斗中，把抗日队伍发展壮大，成立了猎豹抗日支队，成功地阻击了日军的多次攻占，保护了巴山县老百姓的生命安全，谱写了一曲曲悲壮的民族赞歌。
本剧集故事承接第一部剧情，讲述汉武帝刘彻（黄晓明饰）经过五年执政后进入他实施雄才大略阶段的故事。已坐稳皇帝宝座的刘彻，此时却触景生情，感慨当年亲如手足的兄弟们多已不在人世，唯一仍在人世的李勇（杜淳饰）却陷落匈奴手中，东方朔也一去不复返。历经千难万险寻找李勇下落的秋蝉（刘芸饰），终于在匈奴找到他时却发现他已与匈奴公主成婚。汉武帝微服出游，邂逅长相酷似已逝的陈阿娇的歌伎李娃（何佳怡饰），不禁怜爱有加。不久李娃入宫成为刘彻的新宠。然而已为皇后的卫子夫（宁静饰）却预见陈阿娇的前车之鉴又要重演。汉武帝派汲黯（杨洪武饰）去寻访东方朔，无意间遇见了怀才不遇的狂士主父偃（王刚饰），认为是奇才，遂力荐主父偃入宫辅佐汉武帝。汉武帝听信谗言，将卫青（董勇饰）的兵权交给霍去病（李立饰）。
2016年夏，在法国长大的华裔，美食评论家，美食杂志资深编辑林静芸，来上海探访美食和展开寻根之旅。此时，林家老宅已经被改造为一栋餐厅，餐厅中挂满了珍贵的旧上海报纸和旧物，记载了当年的故事。林静芸无意间找出一本日记，打开翻看，里面讲述了一个叫天婴的女孩跌宕起伏的爱情传奇。20年代末的大上海，洪家的帮派、林家的财阀、许家的警局三足鼎立，雄踞上海滩，平静之中，暗流涌动。
一封举报沧海市著名企业巨轮集团掩盖当年矿难真相，使得副局长曲江河（潘粤明 饰）成为这场打黑除恶战役的焦点人物，他介入调查的时候，才发现现实中黑白之间的阵线已然没有泾渭分明的界线，出于各种利益需要，他的对手和他的朋友，乃至他的上级都要求掩盖事实的真相，而新到任的女局长严鸽（陈数 饰）也没有想到现实是如此残酷和壮烈……掩盖是比罪恶本身更大的罪恶。
一面是反差萌CEO，一面是落难公主，个性截然不同、生活经历也天差地别的男女主角互看不爽，且不得不因为一次意外达成“契约婚姻”的约定。这对假夫妻开始了“同居”生活，在磨合与患难之中，二人逐渐从剑拔弩张的欢喜冤家，变成惺惺相惜的朋友知己甚至恋人。
年轻的美女漫画家钟灵为治疗儿子可乐的先天性糖尿病，带着可乐回到六年前因为跟前任韩东来分手而离开的城市。谁知可乐意外走丢时偶遇了很像妈妈画册里经常出现的男人韩东来，误认为爸爸，被韩东来带回办公室，然后创造了两人的再次相遇，并展开一场爱恨交加的虐恋。再次相遇的两人因可乐的身世和病情再次纠缠在一起。一方面由于钟灵离开这六年的好友楚陌成为当红巨星，而帮自己的漫画推荐的影视剧改编机会让前任韩东来心声嫉妒，暗中调查。另一方面钟灵的回归让一直深爱韩东来的林夏夕再次癫狂，屡次暗中报复。钟可乐的亲生父亲到到底是谁？前任的爱情是否还会有缘再续？
